Laboratorium atau yang lebih dikenal sebagai lab adalah tempat yang dilengkapi dengan berbagai peralatan untuk mengadakan percobaan (eksperimen), pelatihan ilmiah sampai untuk penyeledikan. Laboratorium Sains SMA Islam An-Nizam sering digunakan untuk menunjang proses pembelajaran siswa-siswi agar mendapat ilmu pengetahuan yang baru dalam ilmu fisika, biologi dan kimia.

Eksperimen yang dilakukan pun bermacam-macam, mulai dari eksperimen untuk membuktikan suatu teori yang didapatkan dari buku sampai mengembangkan teori yang didapatkan dan mengaplikasikannya agar memudahkan kehidupan sehari-hari. Peralatan yang dimiliki laboratorium sains SMA Islam An-Nizam juga sangat menunjang kemampuan siswa untuk mengamati benda-benda langit melalui pemakaian teropong bintang yang dimiliki SMA Islam An-Nizam.