Program Tahfidz Qur'an merupakan Program Unggulan dari SMA Islam An-Nizam.
Program pembelajaran ini dilakukan setiap hari pada pukul 07.15-08.00 WIB. Jadi sebelum peserta didik melakukan pembelajaran formal dikelas, mereka akan bersama Al-Qur'an terlebih dahulu.
Program hafalan ini dibina oleh masing-masing pengampu Tahfidz Qur'an yang sudah berpengalaman.
Setiap hari Sabtu biasanya akan dilakukan Ujian Munaqasyah untuk melihat sejauh mana hafalan peserta didik.
